Uno de los intelectuales más importantes de fines del siglo XIX fue W. E. B. Du Bois, quien estudió la situación racial en EE.UU. Siendo antiimperialista, se opuso tenazmente al control de su país sobre Filipinas. Para 1903, la Guerra Filipino-Estadounidense había terminado oficialmente, pero la resistencia filipina continuó hasta 1913 en la isla sureña Mindanao, de mayoría musulmana.

En sus escritos, Du Bois reflexionó sobre la idea generalizada de que “la única esperanza” para los afroamericanos era “emigrar más allá de las fronteras de Estados Unidos”. Du Bois concluyó en cambio que “nada ha hecho más patente la inutilidad de este programa que el reciente rumbo tomado por Estados Unidos con respecto a los pueblos más débiles y morenos en las Indias Occidentales, Hawái y Filipinas”, insertando así la Guerra de 1898 en los debates raciales en la era post-Reconstrucción.